Nejstarší dochovaná písemná zmínka o existenci Pardubic pochází z konce 13. století, městem se staly kolem roku 1340. Tehdy náležely rodu pánů z Pardubic, jehož nejvýznamnější postavou byl Arnošt z Pardubic, první pražský arcibiskup, rádce a přítel císaře Karla IV., význačná evropská osobnost té doby. O středověký rozkvět Pardubic se zasloužil rod pánů z Pernštejna. Vilém, který město s okolním panstvím koupil koncem 15. století, přestavěl zdejší vodní hrad na pozdně gotickou rezidenci a jeho synové Vojtěch a Jan pak pokračovali v přebudovávání již v renesančním duchu.

Poté, co pardubické panství roku 1560 přešlo z pernštejnských rukou do majetku královské komory, význam i věhlas Pardubic začal upadat, i když zde při občasných návštěvách vítali i panovníky a do 18. století bylo město rovněž významnou pevností. Na druhé straně je však často sužovaly války a nemoci a přísné cechovní předpisy omezovaly rozkvět podnikání.

Mohutné opevnění však nakonec vzalo za své s postupným rozvojem města podmíněným železnou dráhou, jejímž hlavním projektantem byl pardubický občan Jan Perner. Pardubice se tak staly centrem významného dopravního uzlu, v čemž hrála důležitou roli i výhodná poloha města v samém středu Čech. V závislosti na výstavbě železnice se v Pardubicích začal rozvíjet průmysl. Vznikly zde významné podniky jako „Fantovy závody“ (dnes rafinerie Paramo) nebo „Prokop a synové“ (později Továrna mlýnských strojů), které předznamenaly celkový rozvoj pardubického průmyslu, především strojírenského a potravinářského.

Počátek 20. století je v Pardubicích spojen především s Janem Kašparem, průkopníkem české aviatiky, který v roce 1911 uskutečnil první dálkový let z Pardubic do Prahy. V té době se v Pardubicích začal rozvíjet chemický a elektronický průmysl představovaný dvěma velkými firmami – Explosia (nyní Synthesia) a Telegrafie (později Tesla). Po strastiplné první světové válce a vzniku samostatného Československa v roce 1918 zesílila úloha Pardubic coby regionálního centra.

Před druhou světovou válkou žilo v Pardubicích 35 tisíc lidí, ti nejstatečnější z nich se po nacistické okupaci různými způsoby zapojili do odbojového hnutí. Po Heydrichově smrti gestapo na Zámečku na kraji města nechalo mezi 3. červnem a 9. červencem 1942 popravit řadu českých vlastenců. Mezi nimi i obyvatele nedaleké vesnice Ležáky, kterou nacisté vypálili, aby zastrašili své odpůrce. V prosinci 1942 bylo z Pardubic do koncentračních táborů deportováno 563 židů a během roku 1944 zažilo město tři nálety anglo-amerického letectva, které bombardovalo zdejší rafinerii a letiště. Srpen 1968 proběhl v Pardubicích bez násilí a obětí, nepochybně také díky tomu, že celou pardubickou oblast obsadila v první fázi polská, nikoli sovětská armáda. Kromě roku 1968 však komunistická éra poznamenala Pardubice stejně jako všechna další místa za železnou oponou. Soukromé vlastnictví i soukromé aktivity byly zlikvidovány, hospodářství se orientovalo na těžký průmysl, obyvatelstvo bylo represivně zastrašováno a umlčováno pod hrozbou vězení, pronásledování či jenom ztráty zaměstnání. Přesto se však i v socialistickém období průmysl v Pardubicích nějakým způsobem rozvíjel, chemický v Synthesii, strojírenský v TMS či elektronický v Tesle představovaly opory tehdejší ekonomiky, dávaly práci tisícům lidí a staly se posléze i bezděčnou základnou pro průmyslový rozvoj po sametové revoluci.

Od konce komunistického režimu se Pardubice začaly měnit k lepšímu. Některé veliké podniky sice omezily svou výrobu, ale počet nezaměstnaných se tím nijak drasticky nezvýšil. Tento stav byl dán také díky nápadu založit poblíž letiště bezcelní zónu. Na šesti hektarech tak vzniklo na počátku 90. let svobodné celní pásmo, jediné v České republice. A tak v ročence City Invest Czech 2000 byly Pardubice mezi všemi krajskými městy republiky vyhodnoceny jako nejvhodnější pro investování.

Pardubice v posledních letech skutečně vzkvétají. Rekonstruováno bylo staré město a především zámek, který se ze zchátralé ruiny změnil v nádhernou historickou památku. K opraveným domům přibyla ve městě i řada nově postavených, v samotném centru města se navíc počítá s výstavbou celého nového náměstí s komplexy obytných, administrativních a obchodních budov. Nejstarší panelová sídliště začala procházet rekonstrukcí, která by je měla přeměnit na barevnější a útulnější místa k životu. Nově byly a jsou upravovány městské parky a lesíky, vznikají nová dětská hřiště.

Ekonomický rozkvět přinášejí městu nejen již zmínění zahraniční investoři, ale i píle a tvořivost zdejších živnostníků a podnikatelů. Dávno před oficiálním vstupem naší země do Evropské unie Pardubice obnovily někdejší a navázaly nové kontakty s řadou evropských měst, dnes se tyto partnerské vztahy dále prohlubují na základě blízké spolupráce na nejrůznějších projektech.